Vipavska dolina leži v zahodni Sloveniji. Na severu je dolina obkrožena z Nanoško planoto, planoto Hrušica, Trnovsko planino, na jugu pa z Vipavskimi hribi. Na zahodu se dolina konča z Goriško ravnino, kjer meji z Italijo. Območje doline znaša 310 km². Naseljuje ga 63.052 prebivalcev s povprečno gostoto prebivalstva 203 ljudi na kvadratni kilometer.

Podnebje Vipavske doline je submediteransko, s tipično blagimi zimami in relativno vročimi poletji. Povprečni letni padec dežja je približno 1500 mm, z viški padavin v spomladanskem in jesenskem času. Na Vipavsko dolino nenehno vpliva izmenjava toplega, vlažnega jugozahodnega vetra in hladnega severovzhodnega vetra, ki se lokalno imenuje Burja.

Geološko v dolini prevladuje eocenski fliš. Po celotni dolžini doline teče reka Vipava z vsemi svojimi pritoki. Od zgornjega dela potoka Močilnik pod vasjo Razdrto do državne meje meri 44 km. Po petih kilometrih rečne struge v Italiji se Vipava izliva v reko Sočo. Leta 2004 je bila Vipava s svojo neposredno okolico razglašena za območje Natura 2000. To območje je tudi območje projekta in predstavlja 0,05% površine celotne doline. V okviru območja Natura 2000 (Dolina Vipave) se ohranjajo habitati naslednjih vrst: primorska podust (Chondrostoma genei), hribski urh (Bombina variegata), močvirski krešič (Carabus variolosus fabricius), veliki studenčar (Cordulegaster heros), laška žaba (Rana latastei), laški potočni piškur (Lethenteron zanandreai), primorska belica (Alburnus albidus), mazenica (Rutilus rubilio), grba (Barbus plebejus), pohra (Barbus meridionalis), navadna nežica (Cobitis taenia), kapelj (Cottus gobio), ozki vretenec (Vertigo angustior), navadni škržek (Unio crassus), strašničin mravljiščar (Maculinea teleius), močvirski cekinček (Lycaena dispar), travniški postavnež (Euphydryas aurinia), črtaski medvedek (Callimorpha quadripunctaria), barjanski škratec (Coenagrion ornatum), močvirska sklednica (Emys orbicularis), vidra (Lutra lutra), rogač (Lucanus cervus), veliki pupek (Triturus carnifex). Zavarovan je tudi en habitatni tip, in sicer ilirski hrastovi gabrovi gozdovi (Erythronio-Carpinion) .

Reka Vipava je tipični kraški vodotok s tremi glavnimi kraškimi izviri po imenu Vipava, Hubelj in Lijak. Nikoli se ne posuši in ima zmeren hidrološki režim. Vipava s svojimi pritoki teče pretežno po gramoznem substratu, ki je primeren za razmnoževanje mnogih vrst rib. Kemijsko stanje površinskih voda v dolini je »dobro«. Povprečna temperatura vodepa je med 12 °C in 24 °C. Reko Vipavo naseljujejopretežno ciprinidne vrste rib z znatnimi populacijami salmonidnih vrst v zgornjem toku reke.Prehod med salmonidi in ciprinidi je značilen za srednje odseke nižinskih vodotokov z zadovoljivo kvaliteto vode. Te habitatne karakteristike ustrezajo tudi habitatnim zahtevam primorske podusti.